タイトルそのまんまなのですが、WordPressのカスタムフィールドの値に、改行ありテキストを入れた場合、PHPのnl2br関数を使えば、改行をそのままで内容を表示することができますよ、って話です。
<?php echo nl2br(get_post_meta($post->ID, 'カスタムフィールド名', true)); ?>
カスタムフィールドの値に入力した改行をそのまま表示したい場合は、上記コードを使えばOK!